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+
+###############################################
+# Spektrendatei oeffnen                        #
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+spektren <- read.table("export_20220714.dat", header=F, fileEncoding = "UTF16")
+
+#View(spektren)
+
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+# Tabelle anpassen                            #
+###############################################
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+
+spektren.df <- lapply(spektren, function(x) {gsub(",", "", x)})
+spektren.df <- lapply(spektren.df, function(x) as.numeric(x))
+spektren.df <- as.data.frame(spektren.df)
+
+wl <- "wavelength"
+white <- as.character(1)
+messungen <- as.character(seq(1,290,1))
+
+names <- c(rbind(wl, messungen))
+names(spektren.df) <- names
+
+View(spektren.df)
+
+#write.csv(spektren.df,"/cloud/project/20220721_dataframe.csv")
+
+###############################################
+# Messungen mit Korrektur der Referenzmessung #
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+
+# Die Ueberpruefung der Plausibiltaet der Messungen ist ein wichtiger Schritt
+# Wir ueberpruefen hier die Referenzmessung und bekommen einen Eindruck
+# vom mittleren Reflexionsverhalten der gemessenen Blaetter
+
+
+### Angaben zur Messung des Baumes
+prov = "xyz"
+baum.id = "abc"
+
+# Spalte der Referenzmessung
+spalte.ref = 1
+
+# Vektor mit Blattmessungen
+spalten.messungen = seq(2,16,1)
+
+# alternativ (falls es mal Fehlmessungen etc. gibt)
+#spalten.messungen = c(2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16)
+
+# Spalte der weisen Referenz
+white=as.character(spalte.ref)
+
+# Spalten der dazugeh?rigen Messungen
+mean <- rowMeans(spektren.df[, as.character(spalten.messungen)])
+
+# Farbe Linie fuer das mittlere Spektrum
+col1 =" forest green"
+# Farbe fuer die Referenzmessung
+col2 = "gray"
+
+# Plot mean
+plot(spektren.df$wavelength, 
+     #mean.ratio, 
+     xlab="Wellenlaenge (nm)", ylab="Reflexion (%)", 
+     type="l", col=col1, lwd=3, 
+     ylim= c(0,1), xlim=c(400,1050),
+     main=paste("Baum ", baum.id, ", Provenienz ", prov, sep=""))
+lines(spektren.df$wavelength, unlist(spektren.df[white]), type="l", col=col2, lwd=3)
+
+legend("bottomright",legend=c(paste("Baum ", baum.id, ", Provenienz ", prov, sep=""), "Referenz"),
+       text.col=c(col1, col2),pch=c("-"),col=c(col1, col2), lwd=3)
+
+
+# Folgende Korrekture ist normalerweise nicht notwendig, wir muessen aber teilweise die Spektren
+# korrigieren, da die gemessene wei?e Referenz start von der "Einserlinie" abweicht.
+
+# Bei den Messungen, wo die Referenz um 1 liegt, sieht man natuerlich keinen 
+# gro?en Effekt,
+
+# Es is aber fraglich, ob die Korrektur immer ausreichend ist.
+mean.ratio <- mean*1/unlist(spektren.df[white])
+
+
+
+# Plot mean.ratio
+jpeg("mean_ratio.jpeg", quality = 100)
+plot(spektren.df$wavelength, 
+     mean.ratio, 
+     xlab="Wellenl?nge (nm)", ylab="Reflexion (%)", 
+     type="l", col=col1, lwd=3, 
+     ylim= c(0,1), xlim=c(400,1050),
+     main=paste("Korrigiert - Baum ", baum.id, ", Provenienz ", prov, sep=""))
+lines(spektren.df$wavelength, unlist(spektren.df[white]), type="l", col=col2, lwd=3)
+
+legend("bottomright",
+       legend=c(paste("Baum ", baum.id, ", Provenienz ", prov, sep=""), "Referenz"),
+       text.col=c(col1, col2), pch=c("-"),col=c(col1, col2), lwd=3)
+
+
+dev.off()
+
+################################################
+# Plotten der Einzelmessungen fuer eine Messreihe #
+################################################
+
+# Einzelmessungen einer Messreihe
+
+# Hier koennen wir uns anschauen, ob alles mit den einzelnen Spektren passt un
+# wie variabel die Messungen sind. Ggf. k?nnen noch Fehlmessungen ausgeschlossen werden.
+
+# Hier der Plot ohne Korrektur der Referenz, ist aber natürlich ohne Weiteres umsetzbar
+
+jpeg("messreihe.jpeg", quality = 100)
+
+plot(spektren.df$wavelength, 
+     spektren.df[, as.character(spalten.messungen)[1]], 
+     xlab="Wellenl?nge (nm)", 
+     ylab="Reflexion (%)", 
+     type="l", col=col2, lwd=1, 
+     ylim= c(0,0.6), xlim=c(400,1050), 
+     main=paste("Baum ", baum.id, ", Provenienz ", prov, sep=""))
+for (i in 2:length(spalten.messungen)){
+  lines(spektren.df$wavelength, 
+        spektren.df[, as.character(spalten.messungen [i])], 
+        col=col2, lwd=1)
+}
+
+dev.off()